Facturar cuando cobras por Stripe o PayPal: qué hacer con la comisión que te descuentan
Un cliente te paga 100 € y a tu cuenta solo llegan 97 €: la pasarela se ha quedado con una comisión. Qué importe va en la factura y cómo registrar esa comisión como gasto.
Facturar cuando cobras por Stripe o PayPal: qué hacer con la comisión que te descuentan
Un cliente te paga 100 € a través de Stripe o PayPal. Miras la cuenta y solo han entrado 97 €: la pasarela se ha quedado con una comisión por gestionar el cobro. La duda aparece al momento de facturar: ¿la factura la emites por 100 € o por los 97 € que realmente han llegado? Esta guía es para autónomos y pymes que cobran servicios o productos digitales a través de una pasarela de pago y quieren dejar tanto la factura como esa comisión bien registradas, sin sustos.
El problema: lo que factura no coincide con lo que llega al banco
Cuando cobras por transferencia o efectivo, lo que pactas con el cliente es lo que entra en tu cuenta. Con una pasarela de pago pasa algo distinto: Stripe, PayPal y servicios similares descuentan su comisión antes de ingresarte el dinero, así que el importe que ves en tu extracto siempre es menor que el que acordaste con el cliente.
Esa diferencia —unos céntimos o unos euros según el importe y el proveedor— no es un error ni una rebaja de tu precio: es el coste de usar esa vía de cobro. El problema no es la comisión en sí, sino no tener claro qué hacer con ella a la hora de facturar y de llevar la contabilidad.
La regla: la factura se emite siempre por el importe bruto pactado
La factura refleja lo que acordaste con tu cliente, no lo que termina entrando en tu cuenta después de descuentos. Si el precio del servicio es 100 € (más IVA si aplica), la factura se emite por 100 €, igual que si el cliente hubiera pagado por transferencia sin ninguna comisión de por medio.
Emitir la factura por el neto —por los 97 € que has recibido— sería incorrecto: cambiarías sin darte cuenta la base imponible de la operación, y con ella el IVA y el IRPF que declaras por esa venta. El precio de tu servicio no cambia porque el cliente haya elegido pagar con una pasarela; lo único que cambia es cuánto te cuesta a ti cobrar por ese medio.
La comisión es un gasto aparte, no una resta en la factura
La comisión que retiene Stripe o PayPal es un gasto deducible de tu actividad, igual que cualquier otro servicio que contratas: se registra por separado, con su propio justificante, y no se descuenta directamente del importe facturado al cliente.
En la práctica son dos movimientos distintos:
- El ingreso: facturas 100 € (+ IVA si aplica) al cliente, tal y como pactasteis.
- El gasto: registras la comisión que te ha cobrado la pasarela como un gasto de gestión de cobros, con el documento que la propia pasarela te facilita.
Ese gasto se anota igual que cualquier otro: puedes crear el gasto con el documento adjunto y dejarlo listo para tu contabilidad, para que el IVA soportado —cuando corresponda— quede recogido en tu libro de gastos.
Dónde encontrar el justificante de la comisión
Tanto Stripe como PayPal generan un documento periódico —normalmente mensual— que detalla las comisiones cobradas en ese periodo; es el justificante que necesitas para dar de alta el gasto. Conviene descargarlo desde el panel de la propia pasarela y guardarlo junto al resto de tus gastos, igual que harías con la factura de cualquier otro proveedor.
Si trabajas con varias pasarelas o cobras también por Bizum o transferencia, merece la pena revisar de antemano qué condiciones de pago le dejas claras a cada cliente, para que no haya dudas sobre qué importe corresponde facturar en cada caso.
¿Y el IVA de la comisión?
Aquí conviene ir con cuidado porque depende de dónde esté establecido el proveedor de la pasarela. Cuando la entidad que te cobra la comisión está establecida en otro país de la Unión Europea, es habitual que la operación se documente sin IVA repercutido y que sea tu negocio quien deba autoliquidarlo (inversión del sujeto pasivo), en lugar de aparecer como un IVA soportado corriente. Este matiz cambia según el proveedor y su lugar de establecimiento exacto, así que confírmalo con tu asesoría antes de dar por cerrado ese gasto en un trimestre concreto.
Cuando el extracto no cuadra con la factura
Es habitual mirar el extracto bancario y no encontrar ahí el importe exacto de una factura, porque lo que ha llegado es el neto tras la comisión. Si conectas tu banco a Fube o subes el extracto, verás ese ingreso parcial junto a tus movimientos: la forma de que todo cuadre es tener registrados los dos lados —la venta por el importe bruto y el gasto de la comisión— para que la diferencia quede explicada y no parezca un descuadre.
Preguntas frecuentes
¿Facturo por el importe bruto o por lo que realmente cobro?
Siempre por el importe bruto: el precio que acordaste con tu cliente, sin restar la comisión de la pasarela. La comisión se registra aparte, como gasto.
¿La comisión de Stripe o PayPal lleva IVA?
Depende de dónde esté establecido el proveedor. Si es de otro país de la UE, suele aplicarse inversión del sujeto pasivo en lugar de un IVA soportado ordinario. Confirma el tratamiento exacto con tu asesoría.
¿Cómo registro la comisión como gasto?
Descarga el documento periódico que emite la pasarela con el detalle de las comisiones y regístralo como gasto, con su base y su tratamiento de IVA correspondiente.
¿Esto afecta a Verifactu?
No de forma directa: Verifactu se aplica a las facturas de venta que emites, no a los gastos que registras. La factura al cliente sigue saliendo por el importe bruto pactado, con su huella y su envío a la AEAT como cualquier otra.
Una factura, dos movimientos claros
Cobrar por Stripe o PayPal no cambia lo que factura tu negocio, solo añade un gasto de gestión de cobro que conviene documentar bien. Con la venta y la comisión registradas por separado, tu facturación y tus libros registro cuadran sin sorpresas al final del trimestre.
Si quieres tener facturas y gastos ordenados desde el primer cobro, puedes empezar gratis en Fube.
