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Verifactu en tiendas online con Stripe o PayPal: cómo casar el registro de la factura con la pasarela de pago

El registro Verifactu de una factura se genera al emitirla; el dinero de Stripe o PayPal llega días después y en un solo lote con varios pedidos dentro. Cómo casar las dos cosas sin duplicar ventas ni descuadrar la tesorería.

Equipo Fube · 15 de septiembre de 2026 · 7 min de lectura

Contenido generado con IA y revisado por el equipo de Fube. Cómo creamos nuestro contenido

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Verifactu en tiendas online con Stripe o PayPal: cómo casar el registro de la factura con la pasarela de pago

Verifactu en tiendas online con Stripe o PayPal: cómo casar el registro de la factura con la pasarela de pago

Si vendes por internet y cobras con Stripe o PayPal, es fácil pensar que la factura y el cobro son la misma cosa vista dos veces. No lo son, y la diferencia se nota en el banco: un día ves entrar un único ingreso que no coincide con ninguna venta concreta, sino con varios pedidos a la vez, con unos días de retraso y con la comisión ya descontada. Esta guía es para quien vende en su tienda online con Stripe o PayPal y quiere entender por qué pasa esto y cómo casarlo con sus facturas sin duplicar ventas ni perder el hilo de la tesorería.

Dos relojes que no van sincronizados

El registro Verifactu de una factura no espera a que llegue el dinero: se genera en el momento en que la factura se emite, con su huella encadenada con la anterior y su envío a la AEAT. Si tu tienda dispara la factura en cuanto el pedido pasa a "pagado" o "completado", ese registro queda fijado ese mismo día, con esa fecha y ese importe.

La pasarela de pago va por otro reloj. Stripe y PayPal no ingresan el dinero de cada venta al instante ni por separado: lo agrupan y lo liquidan en tu cuenta bancaria días después, ya con su comisión descontada, y casi siempre en un único movimiento que corresponde a varios pedidos distintos. El resultado es que, mirando solo el extracto del banco, no hay forma de saber a simple vista qué ingreso corresponde a qué factura: la fecha no coincide, el importe tampoco (por la comisión y porque son varios pedidos sumados) y a veces ni siquiera el orden de llegada.

Esto no es un fallo de nadie ni una señal de que algo esté mal registrado. Son dos procesos que documentan cosas distintas: la factura documenta la venta que pactaste con tu cliente, con la fecha en que se produjo; el ingreso bancario documenta cuándo y cuánto te transfiere la pasarela, que es otra operación distinta.

Por qué no conviene esperar al ingreso para facturar

Ante ese desfase, la tentación es retrasar la factura hasta que el dinero aparezca en el banco, para que "todo cuadre" en el mismo momento. Es justo lo contrario de lo que conviene hacer, por dos motivos:

  • La obligación de facturar nace de la venta, no del cobro. Un pedido pagado y confirmado en tu tienda es una venta ya producida, y como tal genera la obligación de documentarla con una factura, exactamente igual que se explica para cualquier pedido de una tienda online. Esperar al ingreso bancario para emitirla retrasa una obligación que ya existe.
  • Verifactu no tiene en cuenta cuándo cobras. El sistema registra y envía la factura en el momento de su emisión, no cuando el dinero llega a tu cuenta. Encadenar la emisión al ingreso bancario no simplifica nada a nivel fiscal: solo añade un retraso innecesario y, si el ingreso tarda semanas (algo habitual con ciertos volúmenes o revisiones de la pasarela), puede dejarte facturando fuera de plazo sin necesidad.

La forma correcta de leerlo es: la factura y su registro Verifactu se resuelven en el momento de la venta; el cuadre con el banco es un paso aparte, posterior, y de tesorería, no de facturación.

Qué hacer con el desfase: casar por lote, no por factura

Como un ingreso de la pasarela casi nunca corresponde a una sola factura, intentar buscar "la línea del banco que corresponde a esta venta" suele ser imposible. Lo que sí se puede casar es el lote completo:

  1. Descarga el informe de liquidación que Stripe o PayPal generan (normalmente diario o semanal), que detalla qué pedidos y qué comisiones componen cada ingreso que te han transferido. Es el mismo documento que necesitas para registrar la comisión como gasto, como se explica en facturar cuando cobras por Stripe o PayPal.
  2. Suma el neto de las facturas de ese lote (el importe de cada venta menos la comisión correspondiente) y compáralo con el importe único que ha entrado en el banco ese día. Si coincide, el lote está explicado; si no, casi siempre es un pedido que quedó fuera por fecha de corte o una devolución que se compensó dentro del mismo lote.
  3. Concilia ese ingreso agregado con tus movimientos bancarios, no factura a factura. Tanto si conectas tu banco a Fube (agregación vía PSD2) como si subes el extracto, verás ese ingreso agrupado junto al resto de tus movimientos, y la conciliación bancaria sirve precisamente para dejar explicada esa diferencia entre lo que vendiste y lo que ha entrado, en vez de dejarla como un descuadre sin justificar.

Con esto, el orden de trabajo queda así: facturas cuando se produce la venta (sin esperar al banco), y concilias el ingreso de la pasarela cuando llega, apoyándote en el informe de liquidación para saber qué venías a esperar.

Un ejemplo con números

Tu tienda registra tres pedidos el lunes por 60 €, 45 € y 25 € (130 € en total, IVA aparte). Facturas los tres ese mismo lunes: los tres registros Verifactu quedan generados y enviados con fecha de lunes. El jueves, Stripe liquida los tres pedidos juntos, descuenta su comisión de cada uno y te transfiere un único ingreso de 124,80 €.

Sin el informe de liquidación, ese ingreso del jueves es un número suelto que no coincide con ninguna de las tres facturas por separado. Con el informe delante, el ingreso queda explicado: son los tres pedidos del lunes, menos 5,20 € de comisión total, liquidados con tres días de retraso. Eso es lo que se concilia contra el banco; las facturas, mientras tanto, ya estaban emitidas y enviadas desde el lunes.

Devoluciones a caballo entre dos liquidaciones

Un reembolso complica un poco el cuadre porque puede caer en una liquidación distinta a la de la venta original: facturas y cobras el lunes, y el cliente pide la devolución el viernes siguiente, que la pasarela liquida en un lote posterior. Fiscalmente no cambia nada respecto a cualquier otra devolución: la factura original no se toca ni se borra, y la devolución se documenta con su factura rectificativa correspondiente. Lo único que aporta esta situación es que, al conciliar, ese lote posterior va a traer un importe menor del esperado porque incluye el reembolso descontado: conviene tenerlo localizado en el informe de liquidación antes de dar el lote por cuadrado.

Preguntas frecuentes

¿Tengo que esperar a que Stripe o PayPal me liquiden el dinero para facturar el pedido?

No. La factura corresponde a la venta, que se produce cuando el pedido se confirma en tu tienda, no cuando la pasarela te transfiere el dinero. Verifactu registra y envía la factura en su momento de emisión, sin relación con la fecha del ingreso bancario.

¿Por qué el importe que llega al banco nunca coincide con el de una factura?

Porque la pasarela agrupa varios pedidos en un único ingreso y descuenta su comisión antes de transferir. El importe que ves en el banco es la suma neta de varias ventas, no el de una sola factura.

¿Cómo sé qué facturas componen un ingreso concreto?

Con el informe de liquidación que genera la propia pasarela (normalmente descargable desde su panel), que detalla pedido a pedido qué se ha cobrado y qué comisión se ha descontado en ese lote.

¿Esto se concilia factura a factura o de otra forma?

Por lote. Como el banco recibe un único importe por varios pedidos, lo que se concilia es ese ingreso agregado contra la suma de las facturas correspondientes, no cada factura por separado contra una línea del extracto.

Dos procesos, un mismo negocio

Facturación y tesorería documentan cosas distintas y van a ritmos distintos: la primera se resuelve en el momento de la venta, la segunda cuando la pasarela decide liquidar. Entender que no tienen por qué coincidir en el tiempo es lo que evita tanto facturar tarde por esperar al banco como dar por perdido un ingreso que en realidad está perfectamente explicado, solo que agrupado.

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