Autónomo y además tienes una SL: cómo llevar la facturación de las dos
Si eres autónomo y también tienes (o vas a montar) una sociedad limitada, esto es lo que cambia en el día a día de facturar: por qué son dos negocios distintos aunque los lleves tú, y cómo organizarlos sin mezclar papeles.

Autónomo y además tienes una SL: cómo llevar la facturación de las dos
Puede que hayas montado una SL para un proyecto nuevo pero sigas facturando como autónomo por otro lado. O al revés: la sociedad ya factura desde hace tiempo y ahora te sale un encargo suelto que te conviene cobrar como autónomo, sin pasarlo por la empresa. Sea como sea, la duda es siempre la misma: ¿puedo llevar las dos cosas desde el mismo sitio, o tengo que separarlas?
La respuesta corta: se separan. No por capricho administrativo, sino porque, aunque las dirijas tú, son dos sujetos distintos ante Hacienda.
Autónomo y SL no son "el mismo negocio con dos etiquetas"
Como autónomo (persona física), tributas con tu propio NIF, presentas tu IRPF y tu IVA a tu nombre. La SL tiene personalidad jurídica propia: su propio CIF, su Impuesto de Sociedades, su IVA independiente del tuyo. Que seas tú quien está al frente de las dos no las convierte en una: son dos contribuyentes distintos, cada uno con su facturación, sus gastos y sus modelos.
Esto tiene una consecuencia muy práctica: una factura de uno no puede colarse como gasto o ingreso del otro. Si el cliente contrató a la SL, la factura la emite la SL. Si el encargo lo hiciste como autónomo, la emites con tu NIF. Mezclarlas no es solo un lío contable — es facturar mal.
Entonces, ¿cómo lo organizo en el día a día?
Aquí está el matiz que de verdad importa: en Fube, cada empresa vive en su propia cuenta, con su propio email de acceso. No hay un panel único donde eliges "ahora factura como autónomo, ahora como SL" — cada cuenta tiene sus propios clientes, sus propias series de numeración, sus propios documentos, completamente aislados de la otra. Es justo el reflejo, en el software, de lo que ya pasa a nivel fiscal: son dos negocios que no se pueden mezclar.
En la práctica, eso significa:
- Dos cuentas, dos accesos. El email con el que entras a la cuenta del autónomo no puede ser el
mismo con el que entras a la cuenta de la SL — cada cuenta necesita el suyo. Si usas el mismo
correo para todo, puedes tener una dirección tipo
tunombre+sl@dominio.compara la segunda cuenta; a efectos de recibir avisos sigue siendo tu bandeja de entrada. - Cada una con sus datos, sin arrastrar nada de la otra. Clientes, productos y series de facturas se dan de alta por separado en cada cuenta. Si tienes clientes que le compran a las dos (poco habitual, pero pasa), los das de alta una vez en cada cuenta — no hay importación automática entre ellas.
- Cada empresa cumple Verifactu por su cuenta. Las dos emiten con su huella y su QR, y cada una envía sus propias facturas a la AEAT de forma independiente — no hay un envío conjunto ni un histórico compartido entre cuentas.
¿Y si lo que quiero es unificar, no separar?
A veces la pregunta real es la contraria: "esto ya no me compensa llevarlo en dos sitios, ¿me interesa pasarlo todo a la SL?". Es una decisión distinta — no de organización del día a día, sino de si te conviene seguir como autónomo, dar de alta una segunda actividad dentro del mismo negocio, o mover toda la facturación a la sociedad. Esa comparación (cargas fiscales, responsabilidad, trámites) la tienes en nuestra guía sobre cuándo conviene pasar de autónomo a sociedad limitada; y si el nuevo negocio es solo una variación del que ya tienes (mismo NIF, otra actividad), puede que te baste con añadir un segundo epígrafe en vez de abrir una sociedad.
Preguntas frecuentes
¿Puedo usar la misma cuenta de Fube para el autónomo y la SL?
No. Cada empresa necesita su propia cuenta, con su propio email de acceso — es el reflejo de que son dos contribuyentes distintos, con su propia facturación y sus propios envíos a la AEAT.
¿Tengo que pagar dos planes si llevo las dos cosas en Fube?
Cada cuenta se gestiona (y factura, si aplica) de forma independiente, igual que cualquier otro par de empresas no relacionadas que usen el software cada una por su lado.
¿Puedo pasar clientes o facturas de una cuenta a la otra?
No hay una importación automática entre las dos cuentas: si un cliente compra a las dos empresas, se da de alta por separado en cada una.
¿Qué pasa si facturo por error desde la cuenta que no toca?
Si emitiste con el NIF equivocado, la corrección pasa por una factura rectificativa en la cuenta donde se emitió por error, y la factura correcta se emite desde la cuenta que corresponde.
Antes de decidir cómo lo organizas
Si estás en esta situación, lo primero es tener claro en qué cuenta debe salir cada factura — por NIF, no por comodidad. Después, dar de alta cada empresa en su propia cuenta de Fube es cuestión de minutos, y cada una queda llevando su propia facturación y su propio cumplimiento con total independencia de la otra.



