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Compensación de deudas entre dos empresas: cómo facturar cuando os debéis dinero mutuamente

Dos empresas que se facturan servicios entre sí y, en vez de dos transferencias cruzadas, prefieren compensar el neto. Cómo hacerlo bien: cada factura se emite íntegra, el pago se compensa aparte y por escrito.

Equipo Fube · 13 de agosto de 2026 · 7 min de lectura
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Compensación de deudas entre dos empresas: cómo facturar cuando os debéis dinero mutuamente

Tu empresa le vende algo a otra —un servicio, un producto, un alquiler— y esa misma empresa te vende algo a ti. En vez de haceros dos transferencias cruzadas por importes parecidos, a alguien se le ocurre la idea obvia: "total, nos debemos casi lo mismo, vamos a compensar y que uno pague solo la diferencia". Tiene sentido desde el banco. El problema es que esa lógica no se puede aplicar a las facturas.

Este artículo es para autónomos y pymes que facturan a otra empresa con la que también tienen una deuda pendiente, y quieren saber qué se puede compensar de verdad y qué no.

Lo que no se puede hacer: facturar por el neto

El error más común es emitir una única factura por la diferencia entre lo que os debéis. Por ejemplo: tu empresa le factura 3.000 € a otra por un servicio, y esa empresa te factura 1.000 € a ti por otro distinto, así que decides emitir una sola factura de 2.000 € "para simplificar".

No funciona así. Cada operación —cada entrega de bien o prestación de servicio— es un hecho imponible independiente a efectos de IVA, y se devenga por su importe completo en el momento en que se realiza, con independencia de cómo se vaya a liquidar el pago después. Lo confirma la propia Agencia Tributaria: el devengo depende de la entrega o la prestación, no del medio ni del momento en que se cobra. Netear dos operaciones distintas en una sola factura por la diferencia deja un documento que no se corresponde con ninguna de las dos operaciones reales, y complica —en vez de simplificar— lo que Hacienda espera ver: dos facturas, cada una por su importe íntegro.

Lo que sí se puede simplificar es el pago. Ahí es donde entra la compensación de créditos.

Cómo funciona la compensación de créditos

La compensación es una figura del derecho civil (Código Civil, arts. 1195 y siguientes) que permite extinguir dos deudas de dinero cuando dos partes son, a la vez, acreedora y deudora la una de la otra. En la práctica: si tu empresa le debe 1.000 € a otra y esa otra empresa te debe 3.000 € a ti, en vez de que circulen dos transferencias por esos importes, podéis acordar que la deuda menor se compensa contra la mayor y solo se transfieren los 2.000 € de diferencia.

Para que la compensación sea válida, ambas deudas tienen que cumplir unos requisitos básicos:

  • Reciprocidad: cada empresa es, a la vez, acreedora y deudora de la otra.
  • Deudas dinerarias: ambas deudas consisten en una cantidad de dinero (no vale compensar dinero contra mercancía).
  • Líquidas: el importe exacto de cada deuda está determinado, no es una estimación.
  • Vencidas y exigibles: los plazos de pago de ambas facturas ya han llegado; no se compensa una deuda que todavía no toca pagar.

Si las dos facturas cumplen esto, la compensación es perfectamente legítima. Lo importante es cómo se documenta.

Por qué conviene dejarlo por escrito

La compensación puede darse por acuerdo entre las partes o, en ciertos casos, operar de forma automática, pero para una relación entre empresas lo prudente es siempre formalizarla con un documento de compensación de créditos (a veces llamado acuerdo o acta de compensación) que recoja:

  • Las dos facturas que se compensan, con su número, fecha e importe.
  • El importe compensado y la diferencia resultante, si la hay.
  • La fecha en la que se considera saldada cada deuda.
  • La firma de ambas partes.

Ese documento es el que justifica, ante una revisión contable o una inspección, por qué una factura de 1.000 € aparece como cobrada sin que exista una transferencia bancaria que lo demuestre. Sin ese papel, un cobro que nunca pasó por el banco es difícil de explicar más adelante — y es precisamente lo que un asesor o un inspector va a preguntar primero.

Por el volumen que puede alcanzar este tipo de operaciones entre empresas, conviene también comentarlo con tu asesoría: quieren saber que la compensación existe y cómo se ha documentado, para reflejarla correctamente en la contabilidad y valorar si hay alguna implicación adicional que declarar según el volumen de operaciones con ese cliente o proveedor.

Cómo queda esto en Fube

Fube no gestiona compensaciones de créditos como una operación automática entre dos facturas de sentido contrario —eso es un acuerdo entre las dos empresas, no algo que un programa de facturación pueda decidir por ti—. Lo que sí resuelve es la parte que le corresponde a cada lado de la operación:

  • Cada factura se emite íntegra, por el importe real de la operación, sin tocar el documento para que "cuadre" con la compensación.
  • Cada factura se puede marcar como cobrada o pagada, total o parcialmente, de forma independiente. Así, si compensáis 1.000 € de una factura de 3.000 €, registras ese cobro parcial contra la factura y sigues el rastro de los 2.000 € restantes hasta que se cobran por transferencia (te sirve la misma lógica que en el cobro parcial de una factura).
  • La gestión de cobros te muestra en todo momento qué queda pendiente de cada factura, aunque parte de ella se haya saldado por compensación y no por banco.

Es decir: Fube no automatiza la compensación en sí, pero sí te evita perder el hilo de qué se ha cobrado de cada factura una vez que la compensación ya está acordada y documentada aparte.

Ejemplo práctico

Un estudio de diseño gráfico factura 3.000 € a una imprenta por un proyecto de identidad visual. Esa misma imprenta le factura 1.000 € al estudio por unos catálogos impresos para su propia promoción. Ambas facturas ya han vencido.

  • El estudio emite su factura de 3.000 € íntegra. La imprenta emite la suya de 1.000 € íntegra. Ninguna se toca ni se "ajusta" a la diferencia.
  • Las dos empresas firman un documento de compensación: se compensan los 1.000 € de la factura de la imprenta contra los 3.000 € de la factura del estudio.
  • La imprenta transfiere únicamente los 2.000 € de diferencia al estudio.
  • En Fube, el estudio marca su factura de 3.000 € como cobrada: 1.000 € por compensación (con el documento firmado como justificante) y 2.000 € por la transferencia recibida. La imprenta marca su factura de 1.000 € como cobrada en su totalidad, también por compensación.

Preguntas frecuentes

¿Puedo emitir una sola factura por la diferencia entre lo que nos debemos?

No. Cada operación se factura por su importe completo. Lo que se compensa es el pago, no la facturación.

¿Necesito un documento firmado para que la compensación sea válida?

No es un requisito legal imprescindible en todos los casos, pero sí muy recomendable entre empresas: es la prueba de que un cobro sin movimiento bancario realmente ocurrió, y es lo primero que pedirá tu asesoría o una inspección.

¿La compensación afecta al IVA de cada factura?

No cambia el devengo: cada factura sigue devengando IVA por su importe íntegro en el momento de la operación, igual que si se hubiera cobrado por transferencia. La compensación afecta solo a cómo se salda el pago, no a cómo se calculó el impuesto.

¿Puede compensarse solo una parte de la deuda?

Sí. Si las deudas no coinciden en importe —como en el ejemplo, 3.000 € frente a 1.000 €—, se compensa hasta el importe menor y el resto se paga por la vía habitual (transferencia, por ejemplo).

¿Qué pasa si una de las dos facturas todavía no ha vencido?

No se puede compensar todavía: una de las condiciones de la compensación es que ambas deudas estén vencidas y sean exigibles. Hay que esperar a que las dos lleguen a su fecha de pago.


Compensar deudas entre dos empresas es perfectamente legítimo, siempre que no se confunda con "facturar por el neto": cada operación se documenta íntegra y es el pago —no la factura— el que se simplifica y queda por escrito. En Fube, cada factura mantiene su importe real y puedes marcarla como cobrada total o parcialmente según cómo se vaya saldando, incluida la parte que compenséis entre vosotros.

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