Baja médica de autónomo: la prestación por incapacidad temporal (IT)

Baja médica de autónomo: qué cobras y qué pasa con tu cuota

Ponerse malo nunca viene bien, pero a un autónomo le preocupa el doble: si no facturas, no entra dinero. La buena noticia es que, como autónomo, también tienes derecho a una prestación cuando una enfermedad o un accidente te impiden trabajar. Se llama incapacidad temporal (IT), es lo que en el día a día llamamos "estar de baja", y desde hace años forma parte de tu cotización obligatoria.

En esta guía te contamos, en lenguaje claro, cómo funciona la baja médica del autónomo: qué cubre, qué requisitos pide, desde qué día y cuánto se cobra, quién te paga y —la duda estrella— qué pasa con tu cuota de autónomos mientras estás de baja.

Esto es una guía general y divulgativa, no asesoramiento personalizado. Tu mutua y tu asesoría son quienes confirman tu caso concreto.

Qué es la incapacidad temporal (y qué no es)

La incapacidad temporal es la prestación que cobras cuando estás impedido para trabajar de forma temporal por una enfermedad o un accidente y recibes asistencia sanitaria de la Seguridad Social. Cubre dos grandes situaciones:

• Contingencias comunes: enfermedad común y accidente no laboral (una gripe fuerte, una operación, una lumbalgia que te tumba…).
• Contingencias profesionales: accidente de trabajo y enfermedad profesional, es decir, las derivadas de tu actividad.

Desde el 1 de enero de 2019, la cobertura de todas estas contingencias es obligatoria para los autónomos: ya la estás pagando dentro de tu cuota mensual. No es un extra que haya que contratar aparte.

Conviene no confundir la IT con otras dos cosas que suenan parecido:

• No es la prestación por cese de actividad (el "paro" del autónomo), que es para cuando el negocio deja de ser viable.
• No es darse de baja de autónomo (el trámite administrativo de cese en Hacienda y en el RETA). Aquí sigues de alta; simplemente estás de baja médica.

Requisitos para cobrar la baja

Para tener derecho a la prestación por IT necesitas, con carácter general:

1. Estar de alta en el RETA y al corriente de pago de tus cuotas.
2. Cumplir el periodo de cotización previo (la llamada "carencia"), que depende del motivo:
   • Enfermedad común: haber cotizado al menos 180 días dentro de los cinco años anteriores a la baja.
   • Accidente (sea o no de trabajo) y enfermedad profesional: no se exige ninguna cotización previa. Cubre desde el primer día de actividad.

Es decir, si te rompes una pierna, no te piden carencia; si es una enfermedad común, sí hace falta ese mínimo cotizado.

Desde qué día y cuánto se cobra

Aquí está el detalle que más se busca, y donde importa distinguir el motivo de la baja.

Enfermedad común o accidente no laboral

• Los tres primeros días no se cobran: la prestación empieza a pagarse a partir del cuarto día de baja.
• Del día 4 al 20: el 60 % de tu base reguladora.
• A partir del día 21: el 75 % de tu base reguladora.

Accidente de trabajo o enfermedad profesional

• Se cobra desde el día siguiente al de la baja, y desde el primer día al 75 % de la base reguladora.

Qué es la "base reguladora"

La cuantía se calcula sobre tu base reguladora, que en el RETA se obtiene tomando tu base de cotización del mes anterior a la baja y dividiéndola entre 30. Dicho de otro modo: cuanto mayor es la base por la que cotizas, mayor es la prestación que cobras estando de baja. Es una de las razones por las que elegir bien la base merece un rato de reflexión (lo tratamos en la guía de la cuota de autónomos 2026).

Quién te paga

En la mayoría de los casos, quien gestiona y abona la prestación es tu mutua colaboradora con la Seguridad Social (la entidad que elegiste al darte de alta), mientras que el INSS actúa como entidad gestora del sistema. En el RETA lo habitual es el pago directo: la mutua te ingresa la prestación a ti.

Para que todo fluya, tendrás que aportar los partes médicos de baja, confirmación y alta que te emita tu médico. Hoy esos partes se transmiten de forma electrónica entre la sanidad, la Seguridad Social y la mutua, así que tu papeleo es mínimo: básicamente, acudir a tus citas y comunicar la situación.

La gran duda: ¿sigo pagando la cuota de autónomos estando de baja?

Sí… pero con un límite importante y muy poco conocido.

• Durante los primeros 60 días de baja, sigues pagando tu cuota de autónomos con normalidad.
• A partir del día 61, esa cuota deja de salir de tu bolsillo: pasa a asumirla la mutua (o, en su caso, el organismo correspondiente) mientras dure la baja, y ese periodo te sigue computando como cotizado.

Ojo con el matiz para no llevarse un susto: no es que "dejes de cotizar", sino que a partir del día 61 la cuota la paga la mutua en tu lugar. Los dos primeros meses corren de tu cuenta, así que conviene tenerlo previsto en la caja.

Cuánto puede durar la baja

La incapacidad temporal dura, como máximo, 365 días, prorrogables por otros 180 (hasta 545 días en total). Si llegado ese punto sigues sin poder trabajar, la Seguridad Social valora tu situación para decidir si procede una incapacidad permanente. Pero eso ya es otra prestación distinta: la inmensa mayoría de las bajas se resuelven mucho antes.

Tu actividad no se para del todo: ten la facturación en orden

Estar de baja no congela el resto de tus obligaciones ni, muchas veces, toda tu actividad. Puede que tengas facturas recurrentes que se siguen emitiendo, cobros pendientes que gestionar y modelos trimestrales que presentar aunque tú estés recuperándote. Llegar a la baja con todo ordenado te quita presión justo cuando menos ganas tienes de pelear con papeles.

Ahí es donde un programa de facturación como Fube acompaña, sin prometer lo que no hace:

• Las facturas recurrentes de tus suscripciones o iguala se emiten solas en su fecha, y Fube las envía a la AEAT conforme a Verifactu, sin que tengas que estar pendiente.
• La previsión de tesorería te ayuda a anticipar esos primeros días sin ingresos y a ver cómo queda la caja durante la baja.
• El calendario fiscal te recuerda los vencimientos de IVA e IRPF, que siguen su curso aunque estés de baja.

La prestación cubre parte del hueco; tener la facturación y los cobros al día cubre el resto.

Preguntas frecuentes

¿Un autónomo cobra estando de baja médica?

Sí. Si cumples los requisitos, cobras la prestación por incapacidad temporal. En enfermedad común empieza a pagarse a partir del cuarto día (60 % de la base reguladora, y 75 % desde el día 21); en accidente de trabajo o enfermedad profesional, desde el día siguiente a la baja y al 75 %.

¿Tengo que pagar la cuota de autónomos mientras estoy de baja?

Los primeros 60 días la pagas tú. A partir del día 61, la asume la mutua mientras dure la baja, y ese periodo te cuenta como cotizado.

¿Necesito haber contratado algo aparte para tener baja?

No. Desde 2019 la cobertura de contingencias comunes y profesionales es obligatoria y va incluida en tu cuota. No hay que contratar un seguro adicional para tener derecho a la IT.

¿Cuánto tiempo puedo estar de baja?

Hasta 365 días, ampliables 180 más. Superado ese plazo, se valora si procede una incapacidad permanente.

¿Puedo seguir facturando estando de baja?

La baja médica implica que estás impedido para tu trabajo habitual, así que la actividad debería estar parada durante ese tiempo; si tienes dudas sobre tu caso concreto (por ejemplo, tareas mínimas de mantenimiento del negocio), consúltalo con tu mutua o tu asesoría, que son quienes lo confirman.

Ponerte malo siendo autónomo da respeto, pero no estás desprotegido: cotizas para esto y el sistema responde. Y cuanto más ordenada tengas la parte administrativa —facturas, cobros y modelos—, más tranquilo podrás centrarte en lo único importante mientras dure la baja: recuperarte.

¿Quieres dejar tu facturación funcionando aunque tú tengas que parar? Con Fube puedes tener tus facturas y tu tesorería bajo control, con plan gratuito para siempre. Empieza gratis y llévalo todo al día desde hoy.